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安徽醫科大學研究生學院是安徽醫科大學研究生教育的主管部門，設有招生辦公室、培養辦公室、學位辦公室、年級辦公室、就業辦公室、總支辦公室、學院辦公室等科室。截至2006年9月，學校現有藥理學、皮膚病與性病學、老年醫學、流行病與衛生統計學、免疫學、內科學、神經病學、兒少衛生與婦幼保健學8個博士學位授權學科和64個碩士學位授權學科，設有臨床醫學、藥學、公共衛生與預防醫學3個博士后科研流動站，具有臨床醫學專業碩士學位和公共衛生專業碩士學位(MPH)授予權，還有1個七年制本碩連讀專業(臨床醫學)。

師生概況

截至2012年上半年，在校統招博士生179人、統招碩士生2728人。另有港澳臺自費兼讀制研究生73人，在職攻讀碩士專業學位研究生127人。共有博士生導師152人、碩士生導師近1300人。

新目標

“十一五”期間，在校黨委和行政的正確領導下，安徽醫科大學研究生學院樹立科學發展觀，圍繞學校“做大做強”的目標，大力發展研究生教育，進一步加強學科、學位點建設，導師隊伍建設，研究生教育管理等各個方面工作;進一步協調研究生教育規模與質量提高之間的關系，堅持“以人為本”，以全面提高研究生培養質量作為研究生教育發展的終極目標，積極引導全體研究生、研究生導師及管理人員廣泛地參與研究生教育改革與發展的各個領域。

培養管理

2002年開始建立研究生管理信息系統。在學位授予方面，為保證學位授予質量，在研究生后期培養過程中，重點加強了開題、中期檢查等工作。

在論文發表要求方面，2000年以前授予學位沒有公開發表論文的要求，自2001年開始要求碩士研究生在申請學位前必須以安徽醫科大學為第一作者單位在中國科技論文統計源期刊公開發表論文一篇、博士研究生在國家級核心期刊發表論文一篇。

從2003年開始，研究生發表論文的要求進一步提高，碩士研究生要在相關專業國家級核心期刊以第一作者發表論文一篇、博士研究生要在相關專業SCI收錄期刊以第一作者發表論文一篇。“十五”期間研究生的科學研究工作及其所發表的大量論文對安徽醫科大學科學研究事業的發展起到了積極的推動作用，對實現安徽醫科大學由教學型大學向教學研究型大學轉變做出了巨大貢獻。