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南方醫院創建于1941年，2004年8月隨第一軍醫大學整體移交廣東省，是南方醫科大學(原第一軍醫大學)第一附屬醫院、第一臨床醫學院，是一所集醫療、教學、科研和預防保健為一體的大型綜合性三級甲等醫院，全國首批百佳醫院。

醫院展開床位2225張，醫療設備總值達11億元。醫院共設置專業學科52個，臨床醫學一級學科是博士學位授權點和博士后科研流動站，內科學(消化系病)為國家重點學科，外科學(骨外)為國家重點培育學科，消化內科、婦科、產科、骨科、檢驗醫學科、病理科、血液內科、神經外科、口腔科、腎內科、普通外科、腫瘤科、感染內科、整形外科為國家臨床重點?？平ㄔO項目;擁有4個廣東省重點學科，30個廣東省臨床重點?？啤碛衅鞴偎ソ叻乐螄抑攸c實驗室和慢性腎病國家臨床醫學研究中心。醫院還在全國率先成立了“健康管理示范基地”、“李可中醫藥學術流派傳承基地”和“古中醫疑難雜癥治療中心”，建成了廣東省腎臟病研究所。

醫院現有專業技術人員3500多名，其中高級專業技術人員近600名，博士研究生導師93名，碩士生導師125人。擔任全國、全省學術機構各專業委員會主委、副主委職務人員近200人次，其中包括中國科學院院士1名、國家“千人計劃”創新人才1名、國家“973”計劃項目首席科學家1名、國家杰出青年基金獲得者2名、“新世紀百千萬人才工程”國家級人選3名，衛生部“有突出貢獻中青年專家”2名等。

醫院形成了消化病診治、腎病診治、肝炎診治、圍產醫學、腫瘤綜合診治、創傷救治、顯微神經外科和組織器官移植等八大臨床優勢領域以及干細胞治療、微創腔鏡診療、介入診療技術和急危重癥救治等四大特色醫療技術平臺。

醫院是全國首批八年制醫學教育培養單位、國家藥物臨床試驗機構、衛生部首批專科醫師培訓基地、臨床藥師培訓基地和人類輔助生殖技術培訓基地，擁有國家精品課程1門、國家級特色專業3個。