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醫院占地面積61畝。醫院核定床位1000張，口腔綜合椅位260張。2全院職工285人，醫療專業技術人員占82%以上，其中副高職稱以上專家354人。現擁有3位中國工程院院士：著名整復外科專家張滌生、口腔頜面外科專家邱蔚六、骨科專家戴尅戎，以及國家973項目首席科學家曹誼林教授和上海市十大科技精英、上海市領軍人才、衛生部突出貢獻中青年專家張志愿教授。

上海第九醫院醫院擁有3個上海市臨床醫學中心(口腔臨床、整復外科、關節外科)和2個上海市臨床醫療質量控制中心(口腔醫學、醫學美容)。口腔臨床醫學、整復外科與組織工程學、外科學(骨科)現為國家重點學科，口腔基礎醫學現為國家重點培育學科。口腔醫學、整復外科學、骨科學為教育部第三期“211工程”重點建設學科。口腔黏膜病科列為國家中醫藥管理局重點專科。組織工程學為上海市“重中之重“學科，口腔頜面外科為上海市重點學科(優勢學科)，口腔修復生物材料學為上海市重點學科(特色學科)，口腔基礎醫學和眼科學為上海市第三期重點學科，骨科為上海市教委重點學科。眼科、麻醉科、泌尿外科、內分泌科為上海交通大學醫學院重點學科。也是上海交通大學醫學院血管病診治中心、疝與腹壁外科疾病診治中心單位。

醫院年門急診病人160萬人次，年出院病人3.1萬人次，年施行住院手術20400余例，門診手術53000余例。各學科臨床水平不斷提高，其中口腔頜面外科、整復外科和骨科在國內外諸多領域達國際領先水平，成為全國知名品牌。近年來，“裸鼠背上長人耳”、“國內首例胸骨裂畸形”小吳菁修復術、“中國第一毛孩”于震環外耳道整形術、“下頜骨骨化性纖維瘤”歐陽莉菁腫瘤切除植骨修復術等曾轟動全國。

九院是上海交通大學口腔醫學院、九院臨床醫學院教學基地，擁有27個教研室，建立了國內一流的口腔仿真模頭實訓基地有碩士生導師103名，博士生導師49名，設有3個博士后流動站，15個博士點、20個碩士點。醫院現有1個國家組織工程研發中心，1個教育部數字醫學工程研究中心，上海市組織工程重點實驗室、上海市口腔醫學重點實驗室和上海市骨科內植物重點實驗室。擁有上海市整復外科研究所、上海市口腔醫學研究所和上海市生物材料研究測試中心。上海市科技功臣1人，上海市十大科技精英2人。有國家杰出青年2人，長江特聘教授1人，新世紀百千萬工程國家級人選1人、教育部跨世紀人才計劃4人、衛生部突出貢獻中青年專家4人，以及上海市啟明星(后)計劃等市級以上人才培養近100人次。近十年來醫院承擔縱向科研項目500多項，其中包括其中973首席科學家項目2項，國家自然科學基金107項(重點項目3項)。獲國家級獎項3項(國家科技發明二等獎1項、國家科技進步二等獎2項)，省部級獎項39項(其中一等獎6項)。科研總經費約 16000多萬元，發表論文3000余篇，其中SCI收錄論文162篇。2004年度Medline收錄論文數量居全國醫療機構排名第1位。