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南方醫院創建于1941年，2004年8月隨第一軍醫大學整體移交廣東省，是南方醫科大學(原第一軍醫大學)第一附屬醫院、第一臨床醫學院，是一所集醫療、教學、科研和預防保健為一體的大型綜合性三級甲等醫院，全國首批百佳醫院。

醫院展開床位2225張，醫療設備總值達11億元。醫院共設置專業學科52個，臨床醫學一級學科是博士學位授權點和博士后科研流動站，內科學(消化系病)為國家重點學科，外科學(骨外)為國家重點培育學科，消化內科、婦科、產科、骨科、檢驗醫學科、病理科、血液內科、神經外科、口腔科、腎內科、普通外科、腫瘤科、感染內科、整形外科為國家臨床重點專科建設項目;擁有4個廣東省重點學科，30個廣東省臨床重點專科。擁有器官衰竭防治國家重點實驗室和慢性腎病國家臨床醫學研究中心。醫院還在全國率先成立了“健康管理示范基地”、“李可中醫藥學術流派傳承基地”和“古中醫疑難雜癥治療中心”，建成了廣東省腎臟病研究所。

醫院現有專業技術人員3500多名，其中高級專業技術人員近600名，博士研究生導師93名，碩士生導師125人。擔任全國、全省學術機構各專業委員會主委、副主委職務人員近200人次，其中包括中國科學院院士1名、國家“千人計劃”創新人才1名、國家“973”計劃項目首席科學家1名、國家杰出青年基金獲得者2名、“新世紀百千萬人才工程”國家級人選3名，衛生部“有突出貢獻中青年專家”2名等。

醫院形成了消化病診治、腎病診治、肝炎診治、圍產醫學、腫瘤綜合診治、創傷救治、顯微神經外科和組織器官移植等八大臨床優勢領域以及干細胞治療、微創腔鏡診療、介入診療技術和急危重癥救治等四大特色醫療技術平臺。

醫院是全國首批八年制醫學教育培養單位、國家藥物臨床試驗機構、衛生部首批專科醫師培訓基地、臨床藥師培訓基地和人類輔助生殖技術培訓基地，擁有國家精品課程1門、國家級特色專業3個。

醫院擁有1個國家重點實驗室和1個國家臨床醫學研究中心。先后獲國家“十一五”和“十二五”科技重大專項、“973”計劃項目、國家自然科學基金重點項目等資助，榮獲國家科技進步二等獎8項，中華醫學科技獎一等獎1項、省部級科技獎一等獎18項。醫院自主研發的“全氟丙烷人血白蛋白微球注射劑”取得了國家I類新藥證書;侯凡凡院士在國際頂級醫學期刊新英格蘭醫學雜志發表了我國大陸第一篇原創性論著。

突發公共衛生事件的應急救治能力突出，圓滿完成了抗洪搶險、非典型肺炎救治、抗震救災等重大應急救治任務。醫院被中共中央、國務院、中央軍委授予“全國抗震救災英雄集體”榮譽稱號。

全國開辦最早的涉外醫療中心惠僑樓已先后收治了91多個國家和地區的11萬余名海外各界人士，被中央軍委授予“模范醫療惠僑科”稱號，獲江澤民同志親筆題詞嘉勉。

近年來，醫院先后榮獲“全國醫院管理年活動先進單位”、“全國百姓放心示范百佳醫院”、“全國病歷質量評比一等獎”、“全國綜合醫院中醫藥工作示范單位”、“全國醫德建設先進集體”、“全國醫院文化建設先進單位”、“中國公立醫院服務創新特殊貢獻榜”，連續六年榮獲“全國最受歡迎三甲醫院”，連續兩年榮獲“醫院改革創新獎”。