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東南大學附屬中大醫院始建于1935年，其前身為中央大學醫學院附設醫院，歷經第五軍醫大學附屬醫院，解放軍84醫院及南京鐵道醫學院附屬醫院等幾個重要歷史階段。

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經過83年的發展，現已成為集醫療、教學、科研為一體的大型綜合性教學醫院，是江蘇省唯一教育部直屬“985”、“211”工程重點建設的大學附屬醫院，也是江蘇省首批通過衛生部評審的綜合性三級甲等醫院。

醫院擁有國家臨床重點專科：重癥醫學科、醫學影像學;江蘇省優勢學科：醫學技術學;江蘇省重點學科：臨床醫學;江蘇省臨床醫學研究中心：醫學影像與介入放射、腎臟病;江蘇省專科(病)診療中心：重癥醫學中心、介入放射診療中心;江蘇省醫學重點學科：醫學影像與介入放射學、重癥醫學、心血管內科、腎臟病學、血液病學;江蘇省臨床重點專科(20個)：介入放射科、普通外科、心血管內科、骨科、血液內科、急診醫學科、消化內科、腎臟內科、神經內科、內分泌科、麻醉科、腫瘤科、重癥醫學科、整形外科、病理科、兒科、婦產科、醫學影像科、泌尿外科、呼吸內科;博士后科研流動站：臨床醫學;Ⅰ級學科博士學位授予點：臨床醫學;13個校級研究所，形成了一個較為合理的學科梯隊。

近年來，與東南大學高水平學科交叉、集成，產生了一批新的學科增長點和優勢領域，承擔了一大批國家自然科學基金和省部級科研項目，近三年來先后獲得國家“973”、“863”研究項目、國家杰出青年基金和國家自然科學基金近100項，其它各級課題300余項，總經費超過1億元。科技成果豐碩，先后獲得國家科技進步二等獎、教育部自然科學一等獎、高等學校科學研究優秀成果一等獎、中華醫學科技一等獎、江蘇省科技進步獎一等獎等獎勵100余項。發表SCI論文500余篇，核心期刊論文1500余篇。

長期以來，醫院不斷提升醫療質量，積極應用醫療新技術，轉變護理理念，為廣大群眾提供了優質、高效、便捷的醫療服務。尤其在重癥醫學、影像診斷、心血管疾病、介入治療、血液凈化、脊柱病變微創治療、造血干細胞移植、小耳畸形再造、中風治療、新生兒重癥搶救等多方面居國內先進行列，有的達到了國際先進水平。同時在分子影像、卒中后憂郁、器官纖維化、急性肺損傷等機制的基礎研究方面形成特色。醫院現有醫療設備價值5.5億元，萬元以上醫療設備2700余臺，擁有512層CT、PET-CT、3.0T MRI、1.5T MRI、平板DSA、直線加速器、數字化乳腺機等高精尖設備。

醫院不斷加強國際合作和交流，先后與美、德、英、日、法、比利時、新加坡等醫院及醫學院建立了友好合作關系，經常性開展學術交流，定期派出學科帶頭人和學術骨干參加國際學術會議或出國訪問進修。近年來，醫院先后榮獲江蘇省“文明單位”、南京市“文明單位”、江蘇省“文明醫院”、全國省級醫院思想政治工作先進集體、全國首批“百姓放心示范醫院”、衛生部數字化醫院試點示范單位等榮譽稱號。