國家林業局南方航空護林總站(以下簡稱“南航總站”)成立于1961年,原名“國家林業局西南航空護林總站”。1972年(文革期間)總站機構被撤銷,單位被下放;1985年恢復建制,并收歸林業部管理。林業部分別于1995年和1997年在“西南航空護林總站”成立西南森林防火協調中心和西南衛星林火監測分中心;此后,國家林業局又于2000年在“西南航空護林總站”成立西南森林防火物資儲備中心。2012年10月23日,經中央編辦及國家林業局批準,“國家林業局西南航空護林總站”更名為“國家林業局南方航空護林總站”。2012年11月,國家林業局在南航總站增設南方森林航空消防訓練基地,現為一套人馬,五塊牌子。
南航總站是國家森林防火指揮部、國家林業局對我國南方地區森林防火工作實施監督、檢查、協調、服務職責的延伸機構,履行著森林航空消防、森林防火協調、衛星林火監測、防火物資儲備、森林航空消防培訓五項職能。